承秦分公司總部內設機構設置為9個，分別是辦公室（黨委辦公室、黨委宣傳部）、紀檢監(jiān)督室、黨委組織部（人力資源部）、事業(yè)發(fā)展部、財務管理部、運營管理部、安全環(huán)保部、審計法務部、工會（共青團）辦公室。直屬單位設置3個分中心，分別為：稽核管理中心、機電管理中心、指揮調度中心。下屬單位設置5個收費站、3個隧道管理站。